W projekcie pojawił się zapis, iż kierownik urzędu „może upoważnić sekretarza do wykonywania w jego imieniu zadań, w szczególności z zakresu zapewnienia właściwej organizacji urzędu oraz realizowania polityki zarządzania zasobami ludzkimi”.

Zmienione zostały także wymogi dla osób zatrudnianych na stanowisku sekretarza. Na mocy nowej ustawy kandydat będzie musiał mieć za sobą co najmniej 4 lata kariery urzędniczej, w tym 2 lata na stanowisku kierowniczym.

Usunięty został zapis o samodzielnych stanowiskach pracy.

Kancelaria Premiera wprowadziła do nowego projektu wyraźny zapis, iż pracownikiem mianowanym może zostać osoba, która „uzyskała zgodę pracodawcy samorządowego na rozpoczęcie postępowania kwalifikacyjnego”.

Zmieniły się również wymagania kwalifikacyjne dla tej podstawy zatrudnienia: co najmniej 5 letni staż pracy i co najmniej dwie oceny pozytywne oceny okresowe w ostatnich 4 latach.

W stosunku do marcowej wersji projektu ustawy o pracownikach samorządowych przywrócono powołanie jako jedną z form nawiązania stosunku pracy w urzędach. Tak jak do tej pory, ta podstawa zatrudnienia będzie dotyczyła skarbników (gminy, powiatu i województwa) oraz zastępcy wójta (burmistrza, prezydenta miasta).

Od 2009 roku, kiedy nowe prawo ma zacząć obowiązywać, zmienią się również podmioty wykonujące czynności z zakresu prawa pracy wobec wójta. Te związane z nawiązaniem i rozwiązaniem stosunku pracy wykona przewodniczący rady, wysokość wynagrodzenia ustali rada, natomiast pozostałe – takie jak kwestie urlopu lub zwrotu kosztów służbowych podróży – będą w gestii wyznaczonego zastępcy lub sekretarza gminy.