Puszczykowo położone jest w centralnej części województwa wielkopolskiego, w odległości ok. 4,5 km od południowych i południowo-zachodnich granic Poznania oraz w odległości niespełna 2 km na południe od Lubonia. Wschodnia granica miasta przebiega wzdłuż rzeki Warty. Część Puszczykowa (dotyczy to głównie terenów lasów) znajduje się w Wielkopolskim Parku Narodowym. Pozostała część miasta pozostaje w granicach otuliny WPN. Od strony wschodniej - wzdłuż Warty - Puszczykowo graniczy z Rogalińskim Parkiem Krajobrazowym. Skrajnie południowy fragment miasta (na południe od Kanału Mosińskiego) położony jest w obrębie Rogalińskiego Parku Krajobrazowego